Η πρώτη εντύπωση που έχει κάποιος από το εσωτερικό του ναΐσκου είναι «µαύρη»! Το εσωτερικό είναι σκοτεινό και πρέπει πρώτα να συνηθίσουν τα µάτια του επισκέπτη, που απότοµα µεταφέρεται από το φως της ηµέρας στο σκοτάδι, του χωρίς παράθυρα και ηλεκτρικό φως, µικρού ναού.
Μόλις ο επισκέπτης εξοικειωθεί µε το χώρο παρατηρεί ότι ο τοίχος και ο θόλος, τόσο του κυρίως ναού όσο και της Αγίας Τραπέζης, είναι µαυρισµένοι. Σηµάδια ολοφάνερα της πυρκαγιάς, που σύµφωνα µε την προφορική παράδοση, έβαλαν οι Τούρκοι καταχτητές. Σύµφωνα µε πιο επίσηµες εκδοχές, το µαύρισµα του εσωτερικού χώρου του Αϊ- Γιάννη οφείλεται στην πολυκαιρία σε σχέση µε τις συνθήκες, που δηµιουργούνται από το συνδυασµό του υγρού κλίµατος της παραθαλάσσιας περιοχής και του τρόπου µε τον οποίο είναι χτισµένος ο µικρός ναός. Βέβαια, κανείς δεν αποκλείει πως µπορούν να ισχύουν και οι δυο περιπτώσεις, που έτσι έχουν επιφέρει στην σηµερινή κατάσταση το εσωτερικό του ναού. Παρ’ όλες όµως τις προσπάθειες του χρόνου και των ανθρώπων, έχουν διατηρηθεί σε σχεδόν καλή κατάσταση κάποιο µέρος των τοιχογραφιών, που στολίζουν ολόκληρο το εσωτερικό του ναού. Στο θόλο βρίσκεται κυρίαρχη η άγρυπνη µορφή του Παντοκράτορα. Στο βορινό τµήµα υπάρχουν αναπαραστάσεις από τα Άγια Πάθη. Η Σταύρωση, η Ταφή αλλά και η Ανάσταση του Θεανθρώπου αναπαρίστανται σ’ αυτό το σηµείο του ναΐσκου. Στο νότιο τοίχο υπάρχουν οι αυστηρές και ασκητικές µορφές αγίων, που τα ονόµατα τους δεν διακρίνονται πια στην πολυκαιρισµένη και µαυρισµένη τοιχογραφία. Στη βάση του ίδιου τοίχου και σ’ όλο το µήκος του υπάρχει µια ζωγραφική αναπαράσταση σκηνών της κόλασης, όπως τις έπλασε η λαϊκή φαντασία. Στη λωρίδα αυτή υπάρχει επίσης η παράσταση, που εικονίζει τις τιµωρίες του µυλωνά και του κρασοπώλη, που έκλεβαν τους πελάτες τους. Ο µυλωνάς έχει τη µυλόπετρα στο λαιµό, ενώ ο κρασοπώλης το βαρέλι.