Первое впечатление, которое создается, находясь внутри церкви, — это «чернота»! Внутри темно, и глаза посетителя должны сначала привыкнуть к ней, так как посетитель резко переносится из дневного света в темноту небольшого храма без окон и электрического света. Как только посетитель ознакомится с пространством, он замечает, что стена и купол, как главной церкви, так и Св. Трапезы, почернены. Знаки пожара, которые, по устной традиции, оставили турецкие оккупанты. Согласно более официальным версиям, эрозия интерьера Св. Иоанна происходит из-за длительного времени по отношению к условиям, созданным сочетанием влажного климата прибрежной зоны и того, как построен Малый Храм. Конечно, никто не исключает, что применимы оба случая, что привело к нынешней ситуации внутри церкви. Несмотря на усилия времени и людей, некоторые фрески, украшающие весь интерьер храма, сохранились почти в хорошем состоянии. В хранилище доминирует бдительная фигура Пантократора. В северной части — изображения Святых Страстей Христа. В этой части храма представлены Распятие, Погребение и Воскресение Богочеловека. На южной стене — строгие и аскетичные фигуры святых, имена которых уже не выделяются на постаревших и изношенных фресках. В основании той же стены и по всей ее высоте изображены сцены ада, созданные народным воображением. В этой полосе также есть изображение, на котором изображены наказания мельника и торговца вина, которые обкрадывали своих клиентов. У мельника на шее есть камень, а у торговца вина — бочка.